2013年10～12月にテレビアニメが放送された京都アニメーション制作「境界の彼方」の劇場版2部作の後編テレビ版総集編にあたる前編「過去篇」から1年後を舞臺に、ヒロインの栗山未來らに起こる新たな出來事を描いた完全新作の劇場版戦いが終わり、これまらまた普通の日々が始まると思っていた秋人と未來だったが、未來の記憶が失われてしまう新學期を迎えても未來の記憶は戻らず、高校3年生に進級した秋人は未來の幸せを願い、彼女を避けるように生活していたが……