2013年10～12月にテレビアニメが放送された京都アニメーション制作「境界の彼方」の劇場(chǎng)版2部作の後編テレビ版総集編にあたる前編「過(guò)去篇」から1年後を舞臺(tái)に、ヒロインの栗山未來(lái)らに起こる新たな出來(lái)事を描いた完全新作の劇場(chǎng)版戦いが終わり、これまらまた普通の日々が始まると思っていた秋人と未來(lái)だったが、未來(lái)の記憶が失われてしまう新學(xué)期を迎えても未來(lái)の記憶は戻らず、高校3年生に進(jìn)級(jí)した秋人は未來(lái)の幸せを願(yuàn)い、彼女を避けるように生活していたが……